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Monitoring

Les domaines d'expertise liés : Phytopathologie Imagerie Analyse de données

Le contexte

Le développement des champignons phytopathogènes en champ est contrôlé de multiples façons. Parmi celles-ci, l’utilisation de produits fongicides est largement répandue. Toutefois, les moisissures présentent de fortes capacités d’adaptation pouvant diminuer à terme l’efficacité du fongicide employé.  Il apparait donc indispensable de suivre l’évolution de ces adaptations à la fois dans l’espace (à la surface du territoire cultivé) et dans le temps (d’une année sur l’autre). Ce suivi est désigné par le terme de monitoring.

Notre façon de faire

Dans ce contexte, nous mettons à votre disposition notre expertise afin de réaliser votre monitoring. Vous nous envoyez des prélèvements de feuilles (exemple monitoring Septoriose sur blé) ou par écouvillons (exemple monitoring Botrytis sur vigne). Nous déterminons alors en conditions contrôlées et standardisées le type de résistances des souches présentes dans vos échantillons. Un rapport est rendu par site de prélèvement et par secteur géographique s’il y a lieu. Les résultats obtenus sont commentés. Les tableaux de données vous sont fournis en intégralité à la fin de l’étude. Nous les gardons également et nous pouvons, si vous le souhaitez, établir une comparaison de l’historique de vos données en lien avec notre service analyse de données.

Notre méthode

Notre méthode est dérivée du test de germination. Un effort important de standardisation a été réalisé de façon à ce que les résultats obtenus soient comparables tant spatialement que temporellement. Cette standardisation est appliquée aux travaux de laboratoire (âge des cultures, concentration des spores…) et aux travaux d’analyses. En effet, les mesures d’élongation des tubes germinatifs sont réalisées de manière automatique par analyse d’images, afin de gommer les éventuels effets opérateurs et fitness des souches et d’augmenter la vitesse de mesure (possibilité de réaliser un monitoring plus important pendant un temps plus court). L’ensemble des images prises lors du monitoring sont conservées. En plus de constituer un historique des données fiable, cette technique permet d’obtenir des monitorings homogènes et rigoureux.

Lorsque les pathogènes incriminés sont non cultivables in vitro, nous avons la possibilité de mettre en place un test sur plante. Le développement du nouveau test se fera de manière à définir des conditions standardisées permettant l’obtention de résultats reproductibles.

Nos références

Nous réalisons un monitoring Botrytis sur vigne, depuis 2008 sur la France. Nous avons également réalisé un monitoring sur la septoriose du blé (2009, recherche de TriHR).

Nous avons également effectué des tests d’efficacité de biocides sur Alternaria alternata et solani. Nous avons aussi comparé la différence d’agressivité d’Alternaria alternata et Alternaria solani sur feuilles de pommes de terre par un test in vitro développé en interne.

A venir

Nous avons en projet de renforcer les diagnostics concernant les résistances par utilisation conjointe de la biologie moléculaire avec les tests déjà en place.